Software Kimia - Open Babel

Program baris perintah open babel mengubah benda kimia (saat molekul atau reaksi) dari satu format file yang lain. Open babel antarmuka pengguna grafis (GUI) adalah sebuah alternatif untuk menggunakan baris perintah dan memiliki kemampuan yang sama. Sejak Open Babel 2.3, GUI tersedia cross-platform pada Windows, Linux dan MacOSX. Pada Windows, Anda dapat menemukannya di Start Menu di folder Open Babel; pada Linux dan MacOSX, GUI dapat dimulai dengan perintah obgui. Karena fungsi GUI cermin yang obabel, Anda harus berkonsultasi bab sebelumnya untuk belajar tentang fitur yang tersedia dan bagaimana menggunakannya. Bab ini menjelaskan penggunaan umum GUI dan kemudian berfokus pada fitur-fitur yang khusus untuk GUI.

Operasi dasar :
Meskipun GUI menyajikan banyak pilihan, operasi dasar sangat muda, yaitu :Pilih jenis  tipe file masukan dari daftar dropdown. Klik tombol "..." dan pilih file. Pilih format output dan file dalam cara yang sama. Anda hanya dapat menampilkan output tanpa menyimpannya dengan tidak memilih file output atau dengan memeriksa "Output di bawah ini hanya ..".
Klik "Convert" tombol.Jendela pesan di bawah tombol memberikan jumlah molekul diubah, dan isi dari file output akan ditampilkan.Secara default, semua molekul dalam file input dikonversi jika format outputmemungkinkan beberapa molekul.

pilihan :
Opsi di tengah orang-orang yang tepat untuk jenis objek kimia yang dikonversi (molekul atau reaksi) dan format input dan output. Mereka berasal dari teks deskripsi yang ditampilkan dengan pilihan -Hxxx dalam antarmuka baris perintah dan dengan "info Format" tombol di sini. Anda dapat menonaktifkan tampilan salah satu dari berbagai jenis pilihan menggunakan menu View jika layar terlalu berantakan.

Beberapa file masukan :
Anda dapat memilih beberapa file masukan dalam dialog file input dengan cara biasa (misalnya, menggunakan tombol Control pada Windows). Pada kotak nama file input, masing-masing nama file ditampilkan relatif terhadap jalan yang ditunjukkan tepat di atas kotak, yang merupakan jalur file pertama. Anda dapat menampilkan salah satu file dengan menggerakkan puncak dengan Tab / Shift Tab, Page Up / Down, roda mouse, atau dengan mengklik ganda.

Memilih satu atau lebih nama file baru biasanya menghilangkan yang sudah ada, tetapi mereka dapat malah ditambahkan dengan menahan tombol Control turun ketika meninggalkan dialog pemilihan file.

File dapat juga menyeret dan menjatuhkan (misalnya dari Windows Explorer), menambahkan file ketika tombol Control ditekan, menggantikan file yang ada jika tidak.
Biasanya setiap file dikonversi sesuai dengan ekstensi dan file masukan tidak harus semua sama, tetapi jika Anda ingin menggunakan nama file non-standar yang ditetapkan kotak centang "Gunakan format ini untuk semua file masukan ..."
Jika Anda ingin menggabungkan beberapa molekul (dari satu atau lebih file) menjadi molekul tunggal dengan bagian terputus, pilihan menggunakan "Bergabung semua molekul masukan ..."

Wildcard dalam nama file :
Ketika nama file masukan diketik secara langsung, salah satu dari mereka dapat berisi karakter wildcard * dan?. Mengetik Masukkan akan mengganti ini dengan daftar file yang cocok. Nama-nama wildcarded dapat dikembalikan dengan mengetik Masukkan sambil menekan tombol Shift. Asli atau versi yang diperluas akan berperilaku sama ketika "Convert" tombol ditekan.
Dengan termasuk wildcard * baik input dan nama file keluaran Anda dapat melakukan konversi batch. Misalkan ada file first.smi, second.smi, third.smi. Menggunakan * .smi sebagai nama file input dan * .mol sebagai nama file output yang akan menghasilkan tiga file first.mol, second.mol dan third.mol. Jika nama file keluaran adalah NEW _ *. Mol, maka file output akan NEW_first.mol, dll

input lokal
Dengan memeriksa "Input di bawah ini ..." kotak centang Anda dapat mengetik teks masukan langsung. Kotak teks berubah warna untuk mengingatkan Anda bahwa itu adalah teks ini dan bukan isi dari setiap file yang akan dikonversi.

Output file :
Nama file output dapat sepenuhnya ditentukan dengan jalan, tetapi jika tidak, maka dianggap relatif path file input.

tampilan grafis :
Struktur kimia yang dikonversi dapat ditampilkan (seperti SVG) dalam program eksternal. Secara default ini adalah Firefox tetapi dapat berubah dari item pada Viewmenu (misalnya, Opera dan Chrome bekerja dengan baik). Ketika "Tampilan di firefox" (dengan nama file output) diperiksa, struktur akan ditampilkan di Firefox tab baru. Dengan beberapa molekul layar dapat diperbesar (roda mouse) dan menyorot (menyeret dengan tombol mouse tertekan). Sampai dengan 100 molekul mudah ditangani, tetapi dengan sistem yang lebih mungkin lambat untuk memanipulasi. Hal ini juga mungkin lambat untuk menghasilkan, terutama jika koordinat 2D atom harus dihitung (egfrom SMILES). Sebuah Firefox tab baru dibuka setiap kali Convert ditekan.

Menggunakan satu set terbatas format :
Sangat mungkin bahwa Anda hanya akan tertarik pada subset dari berbagai macam format ditangani oleh Open Babel. Anda dapat membatasi pilihan yang ditawarkan dalam kotak dropdown, yang membuat pemilihan rutin lebih mudah. Mengklik "Pilih set format" pada Viewmenu memungkinkan format yang akan ditampilkan untuk dipilih. Selanjutnya, klik "penggunaan terbatas set format" pada menu View matikan fasilitas ini dan mematikan.
Menggunakan satu set dibatasi mengatasi bug menjengkelkan dalam versi Windows. Dalam FILEOPEN dan Simpan dialog file yang ditampilkan dapat disaring oleh format saat ini, All Kimia Format, atau All Files. Semua Kimia Format Filter hanya akan menampilkan pertama 30 format mungkin (berdasarkan abjad). The All Files memang akan menampilkan semua file dan proses konversi tidak akan terpengaruh.

fitur lain
Sebagian besar parameter antarmuka, seperti format yang dipilih dan ukuran jendela dan posisi, yang diingat antara sesi.
Menggunakan menu View, input dan output kotak teks dapat diatur untuk tidak membungkus teks. Saat ini Anda harus me-restart program untuk ini akan berlaku.
Kotak pesan di bagian atas jendela teks keluaran menerima keluaran program pada kesalahan dan pemeriksaan logging, dan melaporkan beberapa kemajuan. Hal ini dapat diperluas dengan menyeret ke pembagi antara jendela.

file contoh :
Dalam distribusi Windows, ada tiga file kimia termasuk untuk mencoba:
- Serotonin.mol yang memiliki 3D koordinat atom
- Oxamide.cml yang 2D dan memiliki sejumlah besar properti yang akan terlihat ketika mengkonversi ke SDF
FourSmallMols.cml yang (tidak mengejutkan) berisi empat molekul tanpa koordinat atom dan dapat digunakan untuk menggambarkan penanganan beberapa molekul:
Mengatur format output untuk SMI (yang mudah untuk melihat), Anda dapat mengkonversi hanya molekul kedua dan ketiga dengan memasukkan 2 dan 3 dalam kotak pilihan yang sesuai. Atau mengkonversi hanya molekul dengan ikatan tunggal CO dengan memasukkan CO dalam kotak SMARTS pilihan.

Struktur penyaringan :
Kami akan menggunakan dataset dari 16 benzodiazepin. Ini semua sebagai berikut substrukturnya (gambar dari Wikipedia):

     1. Buat folder pada Desktop disebut Kerja dan menyimpan benzodiazepines.sdf ada
     2. Mengatur konversi dari SDF ke SMI dan mengatur benzodiazepines.sdf sebagai file   input
     3. Centang Tampilan di Firefox
     4. klik CONVERT

Hapus duplikat :
Jika Anda perhatikan dengan teliti pada penggambaran molekul pertama dan terakhir (atas kiri dan kanan bawah) Anda akan melihat bahwa mereka menggambarkan molekul yang sama.

     Lihatlah string SMILES untuk molekul pertama dan terakhir. Jika dua molekul sebenarnya sama, mengapa dua string SMILES berbeda? (Petunjuk: coba gunakan CAN - SMILES kanonik bukan SMI.)

Kita dapat menghapus duplikat berdasarkan Inchi (misalnya):

   

  Centang kotak di samping menghapus duplikat dengan deskripsi dan masukkan inchi sebagai deskriptor

     klik CONVERT

Duplikat dapat dihapus berdasarkan salah satu deskriptor yang tersedia. Daftar lengkap dapat ditemukan dalam menu di bawah Plugins, deskriptor.

     Apakah salah satu deskriptor lain berguna untuk menghilangkan duplikat?

Penyaringan dengan substruktur

     Berapa banyak dari molekul berisi substruktur berikut?

The SMILES string molekul ini adalah c1ccccc1F. Ini juga merupakan SMARTS string yang valid.

     Gunakan SMARTSviewer di ZBH Pusat Bioinformatika, Universitas Hamburg, untuk memverifikasi arti SMARTS tali c1ccccc1F.

Menghapus molekul berpotensi toksik :
Menyaring dataset molekul dengan substruktur sangat berguna jika Anda perlu untuk menghapus molekul dengan kelompok-kelompok fungsional bermasalah. Sebagai contoh, kelompok fungsional tertentu yang berkaitan dengan masalah toksikologi.
Mari kita menyaring molekul menggunakan substruktur ini:

     Pada bagian Options, masukkan c1ccccc1F ke dalam kotak berlabel Convert hanya jika SMARTS pertandingan atau mol dalam file
     Klik CONVERT.

     Berapa banyak struktur yang cocok?

     Sekarang semua orang yang tidak cocok dengan mendahului SMARTS filter dengan tilde ~, yaitu ~ c1ccccc1F.
     Klik CONVERT.

     Berapa banyak struktur tidak cocok?

Filter dengan deskripsi :
screenshot

Seperti dibahas di atas, Open Babel menyediakan beberapa deskripsi. Di sini kita akan fokus pada berat molekul, MW.
Untuk mulai dengan, mari kita menunjukkan berat molekul dalam penggambaran:

     Hapus judul yang ada dengan memasukkan satu ruang ke dalam kotak Tambah atau mengganti judul molekul
     Mengatur judul dengan berat molekul dengan memasukkan MW ke dalam kotak properti Tambah atau deskripsi dalam daftar judul
     klik CONVERT

Anda harus melihat berat molekul di bawah setiap molekul dalam penggambaran. Perhatikan juga bahwa output SMILES memiliki berat molekul samping setiap molekul. Hal ini dapat berguna untuk mempersiapkan spreadsheet dengan string SMILES dan berbagai sifat dihitung.
Sekarang mari kita mengurutkan berdasarkan berat molekul:

     Masukkan MW ke dalam kotak Urutkan berdasarkan deskripsi dan klik CONVERT

Akhirnya, berikut adalah cara untuk menyaring berdasarkan berat molekul. Perhatikan bahwa tidak ada langkah-langkah sebelumnya diperlukan untuk filter untuk bekerja. Kita akan mengkonversi semua molekul-molekul dengan berat molekul antara 300 dan 320 (dalam ekspresi berikut & menandakan Boolean AND):

     Masukkan MW> 300 & MW <320 ke dalam kotak Filter hanya mengkonversi ketika tes adalah benar dan klik CONVERT

 

Filter oleh properti :
Format SDF, sama dengan beberapa format file lain, memungkinkan bidang properti untuk setiap molekul. Terbuka Babel memungkinkan pengguna untuk menyaring menggunakan ini, tambahkan nilai ke judul, menghapus atau mengganti.

Semoga bermanfaat kak :)

Sumber : http://openbabel.org/wiki/IBabel