Avogadro adalah salah satu aplikasi editor molekul
yang bisa dikatakan canggih, dimana aplikasi ini dirancang untuk berbagai
jenis platform sistem operasi, yang salah satunya adalah sistem operasi Linux
BlankOn. Aplikasii ini digunakan dalam kimia komputasi, pemodelan molekul,
bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait.
Dengan aplikasi ini kita dapat dengan mudah membuat
animasi senyawa tertentu seperti yang diinginkan sekaligus melakukan editing
dari senyawa yang telah kita rancang.
Apa yang dapat dilakukan Avogadro?
- Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
- Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
- Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
- Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
- Embedded interpreter Python.
- Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
- Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
- Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
- Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
- Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
- Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.
Lalu bagaimana cara menggunakan aplikasi ini? dalam
pengoperasian aplikasi ini dapat dikatakan tidak sulit, dan disini saya akan
menjelaskan langkah demi langkah pengoperasian aplikasi ini.
Pada artikel ini saya akan membuat bentuk struktur
molekul glukosa dengan avogadro.Untuk memulai aplikasi ini, pertama, tentu kita
harus membuka aplikasi Avogadro. dimana tampilan awal dari aplikasi ini seperti
ditunjukkan pada gambar dibawah ini
Untuk mebuat bentuk molekul glukosa pertama-tama kita klik Tool
Setting, kemudian pada kolom Element kita ambil atom
karbon, pada Bond Order pilih single, kemudian
klik pada layar gambar, tahan dan geser hingga terbentuk ikatan antar atom.
Apabila atom
yang kita inginkan tidak ada pada list, maka kita dapat klik other untuk
memunculkan tabel periodik unsur dan memilih atom yang kita inginkan dengan
meng-klik atom tersebut.
Buat 6 buah
atomk karbon yang saling berikatan seperti pada gambar berikut :
Selanjutnya
pilih atom oksigen dan gambarkan 6 atom oksigen seperti pada gambar
berikut :
selanjutnya
pilih atom hidrogen dan gambarkan seperti pada gambar berikut :
Alhamdulillah dan selesai , jadilah satu molekul glukosa yang terdiri dari atom karbon,
oksigen dan hidrogen..
semoga dapat bermanfaat kakak :)
Tidak ada komentar:
Posting Komentar