Pymol sebagai program visualisasi grafis molekuler dapat digunakan untuk beberapa hal
antara lain untuk membaca basis data protein PDB (Protein Data Bank),
menampilkan struktur 3D makromolekul dengan berbagai representasi bentuk
(Gambar 1), visualisasi hasil kristalografi, menseleksi dan mengedit bagian
tertentu pada molekul, menampilkan proses trajektori hasil simulasi MD, membuat
file animasi, dan analisis molekular lainnya seperti visualisasi warna b-factor,
pensejajaran makromolekul, menghitung jumlah ikatan hidrogen, menampilkan
sekuens protein dan kalkulasi struktur sekunder (DeLano WL 2002).
Dengan
menggunakan aplikasi ini kita akan dengan mudah mengetahui bentuk molekul,
Van der Walls radius, hingga mesh yang dimiliki oleh suatu molekul.
Berikut
cara mudahnya :
Pertama
kita harus membuka aplikasinya, akan muncul 2 tampilan yaitu Molecular
Graphic System dan Pymol Viewer.
Klik
toolbar build pada Molecular Graphic System , akan muncul banyak
pilihan, missal kita pilih fitur Residue → Alanine.
kemudian
apabila anda ingin mengubah-ubah tampilnnya kita bisa memilih fitur-fitur yang
ada di sebelah kanan, untuk mengetahui formal charge kita bisa pilih fitur
L-toolbar → other properties → formal charge
jika
ingin mengetahui Van der Walls radius tinggal pilih L-toolbar → vdw radius
untuk
mengetahui symbols pilih L-toolbar → element symbol
pilih
S-toolbar → dots
dan
kemudian jika ingin mengetahui mesh dan surface pilih S-toolbar→ mesh dan
S-toolbar → surface
Get
view dan kemudian Orient
Semoga bermanfaat kak :)
Tidak ada komentar:
Posting Komentar